La structure de dossiers optimale pour organiser vos fichiers dépendra de la nature de vos recherches. 

Cependant, dans la plupart des projets de recherches, il est recommandé de...

• Mettre les données brutes (non traitées) dans un dossier à part, en mode « lecture seule », afin de les protéger de toute altération accidentelle
• Regrouper en dossiers les fichiers de même nature
• Dans la mesure du possible, limiter la hiérarchie du répertoire à un maximum de quatre niveaux de profondeur
• Dans la mesure du possible, limiter à un maximum de dix le nombre de sous-dossiers d'un même dossier
• Si pertinent, numéroter les dossiers afin de rendre leur organisation plus claire (privilégier la numérotation [01, 02 ... 10] à [1, 2 ... 10] pour une bonne gestion du tri)

Pour en savoir plus sur les structures de dossiers, voir notamment :

• Berenson, K. R. (2018). Managing your research data and documentation. American Psychological Association.
• Sun, G., Larson, D. et Chien, D. (s.d.). File Structure. MIT Biological Engeneering Communication Lab.

Afin que vos fichiers de données demeurent utilisables dans 5, 10 ou 20 ans, optez dans la mesure du possible pour des formats de fichier ouverts comme txt, csv, tab, mp3, mp4, flac ou xml, et l'encodage UTF-8. Ces formats, dont les spécifications sont publiques, sont compatibles avec une variété de logiciels et se prêtent bien à une conservation à long terme. Ils ne risquent pas de devenir désuets après quelques années.

Au contraire, les formats propriétaires peuvent rapidement devenir désuets ou causer des problèmes d’incompatibilité, puisqu'ils ne peuvent généralement être ouverts qu'avec un logiciel spécifique. Certains formats propriétaires largement utilisés dans certaines disciplines sont cependant acceptables.

Certaines méthodes de collecte peuvent exiger l'utilisation de formats de fichiers propriétaires. Demandez-vous toutefois si, après la collecte, vous pouvez convertir les fichiers dans un format non propriétaire (ouvert). 

Formats de fichiers recommandés :

• University of British Columbia Library
• UK Data Archive
• DataverseNO

Si vous travaillez avec des données tabulaires (présentées sous forme de tableau), structurez-les selon les principes du tidy data. Vos données seront ainsi plus faciles à manipuler et à visualiser. Assurez-vous notamment que...

1. Chaque colonne correspond à une variable
2. Chaque rangée correspond à une observation

Exemples :

Pour connaître d'autres bonnes pratiques de gestion des données tabulaires, consultez cette courte vidéo de l’Institut de recherche de l’Hôpital d’Ottawa :

Note : au-delà de ces principes de base, certaines normes de données, comme Darwin Core en biologie, indiquent plus précisément comment structurer des observations dans un fichier de données.